3 мая (21 апреля по юлианскому календарю) 1802 года в лифляндском городе Дерпте (ныне - эстонский Тарту) состоялось торжественное открытие Императорского университета, от которого ведёт свою историю кузница интеллектуальной элиты Эстонии - Тартуский университет.
Стоит особо отметить, что в нынешней эстонской истории временем создания Тартуского университета принято считать 1632 год, когда в Дерпте была шведским королём Густавом II Адольфом основанв Academia Gustaviana (с 1690 года - Academia Gustaviana Carolina). Однако сей факт не совсем верен, поскольку академия сия во время Северной войны в 1710 году перебралась в Пернау (ныне Пярну), а затем после присоединения Лифляндии к России и вовсе полностью прекратила свою работу в связи с бегством преподавательского состава в Швецию.
Новое высшее учебное заведение в Прибалтийском (Остзейском) крае первоначально планировали открыть в Митаве (ныне латвийская Елгава) – бывшей столице некогда формально независимого Курляндского герцогства, в 1795 году присоединённого к России. Однако в пользу Дерпта сыграл целый ряд факторов.
Из доклада комиссии по созданию будущего университета: «Дерпт находится в середине трёх губерний - Лифляндской, Курляндской и Эстляндской; положение своё имеет на сухом месте, между тем как Митава окружена болотами. Дерпт употребляет российскую монету и ассигнации и сверх того превосходит дешевизной съестных припасов».
Занятия в новом университете начались 1 (13) мая 1802, 12 (24) декабря 1802 года русский царь Александр I подписал «Акт постановления для Императорского университета в Дерпте», а 12 (24) сентября 1803 года утвердил его устав.
Первоначально Императорский Дерптский университет имел 4 факультета: философский, медицинской, юридический и богословский. В 1850 году философский факультет был разделён на историко-философский и физико-математический. В университет, по держании «искуса», принимались люди всякого звания и состояния, как русские подданные, так и иностранцы.
Согласно уставу, ректор университета имел «свою внутреннюю расправу и полное начальство над всеми членами своими, подчиненными, равно над их семьями», ведал также все дела, «до сих лиц касающиеся», разбирал долговые претензии и производил первоначальное расследование по уголовным делам. Апеллировать на приговор университетского суда можно было только к правительствующему Сенату. Университет «имел собственную цензуру для своих сочинений» и право выписывать из-за границы необходимые учебные материалы.
Ректора выбирала из своей среды университетская корпорация, состоящая из профессоров, во главе которой был совет, подчиненный непосредственно министру народного просвещения империи. Само собой, возникли и студенческие корпорации: первой, в 1808 году, - «Curonia», затем появились «Estonia», «Livonia» и «Fraternitas Rigensis». Пожертвовавшим на нужды университета лифляндским дворянам было предоставлено право участвовать в управлении его хозяйственными делами.
В 1804 году по проекту архитектора Иоганна Вильгельма Краузе на месте бывшей Мариинской церкви началось строительство главного корпуса университета, завершившееся в 1809 году. Величественное классическое здание и по сей день является главной достопримечательностью Тарту.
С Дерптским университетом связаны имена таких выдающихся людей, как основатель эмбриологии, натуралист и географ Карл Эрнст фон Бэр, хирург Николай Пирогов, автор «Толковаго словаря живаго великорускаго языка" Владимир Даль и многих других.
В 1893 году городу Дерпт было возвращено его древнее русское название – Юрьев, в связи с чем Императорский Дерптский университет был переименован в Императорский Юрьевский университет.
В 1918 году в связи с наступлением на Юрьев германских войск часть преподавателей и студентов университета были эвакуированы в Воронеж, где позже на основе бывшего Императорского Юрьевского университета был создан Воронежский государственный университет.
После ухода немцев в условиях новосозданной независимой Эстонской Республики университет был переименован в Тартуский и в 1919 году продолжил свою работу уже на эстонском языке. С этого времени начинается уже его новая, совсем другая, история.