По данным Министерства образования Эстонии, из пяти тысяч иностранцев, обучавшихся в начале 2018 года в высших учебных заведениях страны, каждый третий является финном, а второе место последние восемь лет занимают россияне, которых однако в последние годы нагоняют жители Нигерии и Украины.
По положению на 2017/2018 учебный год в эстонских вузах обучаются 4394 иностранных студента или 9,5% от общего числа студентов, при этом их удельный вес возрастает. Высшее образование в Эстонии получают выходцы из 120 стран, первое место среди которых принадлежит финнам (1423 или 32% от всех иностранных студентов), хотя их удельный вес упал с 45% в 2011/2012 учебном году.
Второе место последние восемь лет удерживают россияне (283 человека или 6% в 2017/2018 учебном году), оттеснившие с этой позиции латышей. Далее следуют нигерийцы (262 студента) и украинцы (236), доля которых быстро растет. Более сотни студентов приехали учиться в Эстонию из Турции, Грузии, Индии, Латвии и Китая.
Среди ВУЗов по числу иностранных студентов лидируют Таллинский технический университет (1420) и Тартуский университет (1063), за которыми следуют Таллинский университет (646) и Estonian Business School (503). Более половины иностранных студентов в Эстонии являются представителями третьих стран (к которым относятся государства, не входящие в ЕС и ЕАСТ).
Правительство в соответствии с директивой ЕС одобрило 15 февраля 2018 года упрощающие движение студентов и ученых в Евросоюзе одобрило поправки в Закон об иностранцах, которые должны вступить в силу с 23 мая 2018 года. Теперь студенты смогут учиться в Эстонии до 360 дней на основании визы или вида на жительство, выданных в любой стране ЕС. Кроме того, по истечении срока действия такой визы или вида на жительство студенты, учёные и преподаватели смогут оставаться в Эстонии 270 дней для работы или регистрации фирмы (раньше этот срок был ограничен 183 днями).